El conflicto en El Salvador surgió de una década de inestabilidad política durante la cual el establecimiento militar se confrontó a una población agraria, mayoría de la cual no tenía tierra. El asesinato, por un escuadrón de la muerte derechista, del arzobispo Oscar Romero en marzo de 1980 refleja la brutalidad que caracterizó la década siguiente.
Estimaciones extraoficiales sitúan el número de las personas que desaparecieron durante el conflicto entre el 1980 y el1992 en 8000 a 9.000. Un número importante de estos fueron niños, muchos de los cuales se cree han sido adoptadas mediante procedimientos irregulares por familias en El Salvador, los EE.UU. y Europa.
Una ley de amnistía de 1993, aprobada apenas cinco días después de que la Comisión de la Verdad respaldada por la ONU emitió su informe (que forma parte integral del acuerdo de paz) sobre violaciones generalizadas de los derechos humanos durante el conflicto, permitió que los perpetradores de las desapariciones y otros crímenes quedaran impunes.
Los esfuerzos para localizar e identificar a los desaparecidos, por lo tanto, representan un elemento importante en el proceso de reconciliación nacional post-conflicto, ya que en la mayoría de los casos las familias de los desaparecidos no tienen la opción de buscar remedios legales.
Varias organizaciones fueron creadas para abordar el problema de las personas desaparecidas en El Salvador. Estos incluyen la ONG Pro-Búsqueda, creada en 1994 para buscar niños que desaparecieron como consecuencia del conflicto.
La participación de la ICMP en El Salvador ha sido emprendida en colaboración con el Centro de Derechos Humanos de la Universidad de California, Berkeley, a través de una subvención concedida por el Gobierno de Estados Unidos. El objetivo del proyecto de ICMP es mejorar la capacidad de análisis forense de ADN en el país y fomentar la capacitación general, la coordinación y el intercambio de información en lo que respecta a la localización e identificación de los desaparecidos.
En agosto de 2012, ICMP firmó un acuerdo con el Centro de Derechos Humanos y Pro-Búsqueda para la generación de información de parentesco y perfiles de ADN a partir de muestras biológicas de referencia recibidos desde El Salvador.