Republika Srbija je nasljednik države Federalne Republike Jugoslavije, a nakon čega je  ostala poznata pod nazivom Srbija i Crna Gora.  Nakon izbijanja neprijateljstava u bivšoj Jugoslaviji 1991. godine, Beograd je dobio odgovornost za rad na pitanjima  nestalih osoba zajedno sa Federalnom Komisijom za razmjenu ratnih zarobljenika. Državna Komisija za humanitarna pitanja je osnovana u novembru 1994. godine, zajedno sa Odjelom za traženje nestalih. Od juna 2006. godine, Komisija za nestale osobe vlade Republike Srbije je odgovorna za ovo pitanje. Srbija još uvijek traži:

Građane Republike Srbije koji su nestali na području Republike Hrvatske;

Građane Republike Hrvatske čija porodica danas živi u Srbiji i počeli su proces traženja kod Komisije u Beogradu;

Građane Republike Srbije koji su nestali na teritoriji Bosne i Hercegovine;

Građane Republike Srbije koji su nestali u toku sukoba na Kosovu.

Nakon raspada bivše Jugoslavije, pitanje nestalih je imalo kompleksan i značajan uticaj na Srbiju. U praktičnom smislu, nemogućnost pronalaska značajnog broja ljudi u području susjednih država gdje su zajednice Srba prethodno živjele je usporavao povratak srpskih izbjeglica. Ovu činjenicu su iskoristili srpski nacionalisti kao argument protiv regionalnog pomirenja. 

Od 1996. godine ICMP  radi sa Komisijiom za nestale osobe i njenim prethodnicima.  ICMP je potpisao Memorandum o razumijevanju sa bivšim Federalnim Ministarstvom za inostrane poslove, Federalne Republike Jugoslavije, te Sporazum sa Centrom za koordinaciju Kosova i Metohije.  Sporazum sa Kosovom je omogućio pružanje podrške pri iskopavanju i identifikaciju osoba koje su nestale u toku sukoba na Kosovu. 

U okviru ovih sporazuma, ICMP je 2001. i 2002. pružio podršku u  iskopavanju više od  800 posmrtnih ostataka koje su povezane sa sukobom na Kosovu iz tajnih grobnica pronađenih u Srbiji, uključujući lokacije u Bajinoj Bašti, Petrovom Selu i Batajnici. U saradnji sa Srbijom kao i sa UNMIK-om, a kasnije i EULEX-om, ICMP je koristio DNK analize s ciljem identifikovanja 90% posmrtnih ostataka (link na Pregled stanja na Kosovu pod poglavljem Izvorii) koji su pronađeni u periodu između 2001. i 2002.

ICMP je takođe 2002. godine potpisao Sporazum o saradnji sa Federalnom komisijom za humanitarna pitanja i osobe nestale usljed sukoba koji su se desili  u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini u periodu od 1991. do 1995. Uz pomoć ICMP-a, više od 300 osoba koje su nestale usljed sukoba pronađene su i vraćene u Hrvatsku i Bosnu i Hercegovinu.

ICMP je otvorio ured i uspostavio DNK Laboratorij u Beogradu 2002. godine. Laboratorij je predat srbijanskim vlastima 2006. godine.

ICMP je 2014. godine obnovio sporazum sa  Komisijom za nestale osobe Vlade Srbije razmjenom pisama koja se odnose posebno na pružanje pomoći pri lociranju,  iskopavanju i identifikovanju nestalih usljed sukoba na Kosovu, a nakon otkrivanja grobnice u južnom dijelu Srbije.

ICMP će nastaviti pomagati Srbiji i drugim zemljama u regiji da završe process pronalaska i identifikovanja nestalih usljed sukoba devedesetih godina. Takođe, ICMP nadgleda process iskopavanja posmrtnih ostataka, te daje podršku organizacijama civilnog društva koje predstavljaju porodice nestalih.

Srbija nastavlja sa svojim naporima koji su usmjereni prema pronalaženju nestalih na njenom teritoriju. Do danas je pronađeno oko 1,100 osoba od kojih su skoro 900 nestalih usljed sukoba na Kosovu, a ostali u toku sukoba u periodu od 1991.-1995.