Prema podacima hrvatskih vlasti oko 6,500 osoba je nestalo u toku sukoba od 1991.-1995. Otprilike 4,700 su identifikovani, a oko 1,800 nestalih osoba još uvijek treba pronaći i identifikovati. Vlasti su iskopale 143 masovne grobnice, te više od 2,000 zasebnih grobova.
Većina slučajeva nestalih osoba pojavila se u periodu između 1991. i 1992., te 1995. tokom kampanja u kojim su cijele zajednice bile raseljene. Stotine neriješenih slučajeva su bile jedna velika osjetljiva tema, te je povrat izbjeglica.
Većina identifikacija je rađena koristeći se drugim metodama identifikacije koje nisu zasnovane na analizama DNK.
Hrvatska je 1991. godine osnovala Komisiju za traženje nestalih osoba. Od decembra 1991. Ova Komisija se sastajala redovno sa jugoslovenskom Državnom komisijom za humanitarna pitanja i nestale osobe u okviru dijaloga MisCom-a. Hrvatska vlada je 2005. osnovala Komisiju za zatočene i nestale, kao jedno savjetničko i međuodjeljensko tijelo (ova odluka je kasnije promijenjena u aprilu 2013.) koje je trebalo da radi na različitim aspektima problema nestalih osoba. Članovi Komisije su predstavnici različitih ministarstava dok predsjedavajući Komisije u isto vrijeme vodi Ured za zatočene i nestale koji postoji u okviru Ministarstva branitelja (bivšeg Ministarstva obiteljskih poslova, branitelja i međugeneracijske solidarnosti). Ured zatočenih i nestalih rade kao jedno operativno tijelo i kao takvo je zaduženo za traženje i proces ekshumacije, identifikacije i ukopa.
ICMP pruža pomoć Vladi Hrvatske od 1996. godine. ICMP je 2002. izgradio i opremio DNK Laboratorij u Zagrebu. Sporazum o zajedničkom projektu za identifikacije zasnovane na analizi DNK je potpisan 2003. između ICMP-a i Ministarstva obitelji, branitelja i međugeneracijske solidarnosti. U okviru ovog projekta, 490 identifikacija zasnovanih na analizi DNK su završene.
ICMP obezbjeđuje podršku nadgledanjem iskopavanja te pomaže nevladinim organizacijama u Hrvatskoj da rade sa porodicama nestalih.
Hrvatska učestvuje u naporima da se uspostavi regionalni spisak nestalih osoba zajedno sa Komisijama za nestale osobe u Bosni i Hercegovini, Srbiji i Crnoj Gori.
Hrvatski predsjednik Ivo Josipović je u oktobru 2013. posjetio Beograd, gdje se sastao sa svojim srbijanskim kolegom Tomislavom Nikolićem. Tokom posjete, gospodin Josipović je izjavio da, iako je veliki napredak ostvaren u mnogim područjima, pitanje nestalih osoba ostaje najvažnije pitanje da bi se mogli uspostaviti normalni odnosi između dvije države.