Procjenjeno je da je do kraja sukoba na Kosovu u junu 1999. godine, 4,400 do 4,500 osoba nestalo. Danas oko 1,700 njih nije pronađeno.
Od 1999. godine ICMP radi na rješavanju problema nestalih usljed sukoba na Kosovu, a od 2003. godine pruža pomoć Kosovu pri identifikacijama koje su zasnovane na analizi DNK radeći prvo u saradnji sa UN Misijom na Kosovu (eng. skr.UNMIK), zatim i od decembra 2008. sa Misijom Europske Unije na Kosovu (eng. skr.EULEX). Od 2001. ICMP daje i tehničku podršku Vladi Srbije u pronalsku, ekshumaciji i identifikaciji osoba koje su nestale u toku sukoba na Kosovu. Do danas je ICMP uradio pouzdane izvještaje o identifikaciji na osnovu analize DNK za Srbiju, UNMIK i EULEX za identifikovane 2,466 nestale osobe.
ICMP-ev rad na Kosovu fokusiran je na osiguranje transparentnosti, te primjeni standarda ljudskih prava u potpunosti pri utvrđivanju sudbine ljudi, šta se desilo nestalim kao i gdje se nalaze. ICMP podržava napore da se unaprijedi dijalog između Beograda i Prištine te radi na promociji kapaciteta Komisije za nestale osobe Vlade Kosova (eng. skr.GCMP) od kada su pomogli vlastima Kosova da osnuju Komisiju 2006. godine.
Do danas je ICMP prikupio 97 % referentnih uzoraka DNK od članova porodica koji su potrebni da pri procesu identifikacije; međutim, u više od 1,700 slučajeva, uključujući otprilike 400 slučaja u mrtvačnici u Prištini kod kojih nije bilo moguće dobiti DNK podudaranja. ICMP je 2010. objavio Izvještaj o pregledu stanja ,u kojem je pozvao domaće i međunarodne vlasti odgovorne za ovo pitanje na Kosovu da poduzmu sve potrebne korake prema rješenju stalno prisutnog problema nestalih osoba.
Preporuke uključuju sljedeće:
- ICMP i EULEX bi trebali zajedno uraditi jedan pregled evidencija o iskopavanjima, smrtnim listovima, te pregled stanja koje poduzima EULEX-ov Ured za nestale osobe i forenziku i svaku drugu zabilješku zatvorenih slučajeva. To bi omogućilo da se pregledaju slučajevi gdje su tijela pogrešno identifikovana, da se riješe neriješeni slučajevi gdje se identifikacije nisu uradile jednostavno zato što relevantne informacije nisu obuhvaćene na istom mjestu, te da se utvrdi gdje se to treba fokusirati koordiniranim naporima s ciljem rješavanja neriješenih slučajeva.
- Veću podršku treba obezbijediti za inicijative koje poduzima vlada Kosova da bi se ojačali kapaciteti GCMP-a, te da se koordinira strateški pristup rada na slučajevima. Prelaženje nadležnosti pitanja nestalih osoba na domaće insitucije mora jasno da osigura da će lokalne vlasti ispuniti svoje obaveze na jedan nediskriminatoran, transparentan i odgovoran način.
- Centralna evidencija Kosova treba biti uspostavljena tako da se ujedine postojeći istražni podaci, ante-mortem i post mortem evidencija, infomacije o lokacijama kao i informacije o identifikacijama i repatrijacijama koje će zauzvrat omogućiti poboljšanje rada na slučajevima dok se uspostavljaju bolje osnove za cjelokupnu analizu.
- Kosovski Zakon o nestalim osobama treba pojasniti mandat GCMP-a kao jedne nezavisne vladine agencije koja ima nadležnost da koordinira pitanje nestalih osoba zajedno sa relevantnim domaćim i međunarodnim akterima i drugim vladinim entititetima uključujući i pravosudni sistem. Treba izričito reći da GCMP ima nadležnost da nadgleda i koordinira slučajeve iskopavanja.
U toku 2014. mandat EULEX misije na Kosovu je izmijenjen da bi se, između ostalog dozvolio transfer odgovornosti problema nestalih osoba na lokalne vlasti uključujući i GCMP. Od tada, na poziv ICMP-a, GCMP, nadgleda iskopavanje na dvije potencijalne lokacije grobnica na Kosovu.
Međutim, rad na slučajevima koji je inicirao EULEX prije transfera odgovornosti na Kosovo, ostaje odgvornost EULEX-a sve do potencijalnog kraja njihovog madata 2016.godine. Stoga EULEX nastavlja sa svojim izvršnim funkcijama u vezi sa većinom slučajeva nestalih osoba koji se odnose na sukob na Kosovu.
Od 1999. ICMP radi i sa porodicama nestalih, njihovim udruženjima i drugim predstavnicima civilnog društva s ciljem poticanja na veću saradnju sa vlastima da bi se rješio zajednički problem, te da se efektivnije to i zagovara. Na početku se ovaj rad fokusirao na pitnja kao što su suočavanje s prošlošću, predrasudama, stereotipovima, pojedničnom krivicom. Od 2009. ICMP je podržao zajedničke aktivnosti između srpskih I albanskih udruženja porodica nestalih. Udruženja su zajednički tražila odgovore relevantnih vlasti, te su se angažovali na zajedničkom obilježavanju sjećanja na nestale.