Međunarodne strategije ICMP-a koje se koriste za rad na pitanju nestalih osoba pojačane su kroz partnerstvo sa slijedećim organizacijama.
ICMP i INTERPOL su 2007. godine potpisali sporazum o suradnji na pružanju pomoći u identificiranju nestalih osoba nakon nesreća. Tokom nekoliko zadnjih godina, ICMP je radio sa INTERPOL-om na osnaživanju partnerstva putem dodatnog protokola koji bi stvorio stalnu platform za Identificiranje žrtava nesreća (DVI).
Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju (ICTY)
ICMP radi sa ICTY od njegovog osnivanja 1996. godine. U novembru 2006. godine, ICMP i ICTY su postavili osnove za uvođenje rezultata rada ICMP na suđenja pred ICTY. Sporazum prepoznaje mjere zaštite koje ICMP zahtjeva za korištenje ličnih i povjerljivih informacija o nestalim ososbama i njihovim porodicama.
Međunarodni krivični sud (ICC)
Na osnovu načina suradnje sa ICTY, ICC i ICMP istražuju oblasti za buduću suradnju.
Međunarodna organizacija za migracije (IOM)
Kako bi istražili obim problema nestalih osoba u kontekstu raseljavanja i migracije ljudi i kako bi se osmislili programi za rad na tom pitanju, ICMP je potpisao sporazum o suradnji sa IOM u martu 2013. godine.
Ujedinjenje nacije (UN)
Od 1996. godine, ICMP je blisko surađivao na slučajevima nestalih osoba sa raznim agencijama UN-a:
Razvojni program Ujedinjenih nacija (UNDP) (Kipar, Kolumbija)
Agencija Ujedinjenih nacija za ljudska prava, Ured Visokog komesara za ljudska prava (UNOHCHR)
Operacije Ujedinjenih nacija za održavanje mira (BIH, Hrvatska, Kosovo, Makedonijaa, Irak, i Libija)
Radna grupa Ujedinjenih nacija za prisilne nestanke
ICMP također istražuje mogućnosti suradnje sa:
Ured za koordiniranje humanitarnim poslovima (UNOHCHR)
Agencija za izbjeglice Ujedinjenih nacija (UNHCR)
Evropska unije (EU)
ICMP blisko surađuje sa EU naročito na projektima koji se odnose na Zapadni Balkan (link to Western Balkans page in ‘Where we work’), od kojih su mnogi također finansirani od strane EU
Organizacija za sigurnost i suradnju u Evropi (OSCE)
ICMP blisko surađuje u sa odgovarajućim misijama OSCE– a na pitanjima vezanim za ljudska prava i ratne zločine.
Vijeće Evrope (CoE)
ICMP savjetuje Parlamentarnu skupštinu Vijeća Evrope na ad hoc osnovi i radi zajedno sa odgovarajućim misijama Vijeća Evrope
Međunarodni komitet Crvenog križa (ICRC)
Od 1996. godine, ICMP surađuje sa ICRC-om u programskim oblastima na Zapadnom Balkanu, u Libiji i Iraku. ICMP je dao značajan doprinos mnogim ICRC-ovim publikacijama o nestalim osobama
ICMP je radio sa Švajcarskom fondacijom za mir na projekti`ma na Zapadnom Balkanu i na Kavkazu.
Evropska mreža instituta forenzičkih nauka (ENFSI)
ENSFI teži da harmonizira i razvije praksu forenzičke genetike iz perspektive rada na slučajevima i istraživanja sa predstavnicima svih evropskih država i uz učešće najuvaženijih evropskih genetičara.
Redovno učešće ICMP-a mu je stvorilo reputaciju najefikasnije svjetske laboratorije za rad na DNK nestalih osoba, i uvrstilo je ICMP u evropsku zajednicu forenzičkih genetičara.
Centar za ljudska prava (HRC), Univerzitet u Kaliforniji, Berkeley
ICMP je radio sa HRC na Univerzitetu u Kaliforniji, na Pravnom fakultetu u Berkeley-u, na raznim projektima uključujući pomoć nevladinoj organizaciji iz Salvadora Asociación Pro-Búsqueda de Niñas y Niños Desaparecidos na DNK testiranjima, analizi srodništva i kreiranju baze podataka za identificiranje nestale djece iz Salvadora.
ICMP je partner Benetech, nevladinoj organizaciji koja istražuje korištenje tehnologije za kreiranje pozitivne društvene promjene.
Liječnici za ljudska prava (PHR)
Od 1996. godine, ICMP surađuje sa PHR na raznim programskim oblastima.