الجنة الدولية لشؤون المفقودين لديها برامج طويلة الأجل في تشيلي والسلفادور المصممة لمساعدة هذه البلدان على تحسين قدراتها المؤسسية والتقنية وكذلك إشراك المجتمع المدني في معالجة قضايا المفقودين الجوهرية. فور وقوع زلزال عام 2010 في هايتي ، أرسلت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين أفرادا إلى البلاد لوضع استراتيجية لتحديد هوية الأشخاص المفقودين على المدى الطويل ، وبعد حادث تحطم طائرة في وسط كوبا في عام 2010 ، قدمت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين تقييماً لإجراءات تحديد هوية الضحايا بناء على طلب من الكوبيين الحكومي. كما تعمل اللجنة الدولية لشؤون المفقودين مع ناشطي المجتمع المدني والسلطات القضائية في شمال المكسيك على مبادرة لتطوير قاعدة بيانات إلكترونية للأشخاص المفقودين.