من 1960 إلى 1994 ، أدى العنف السياسي إلى اختفاء حوالي 2،000 شخص في جنوب إفريقيا. كان السبب الرئيسي في ذلك هو برنامج نقل السكان غير البيض من الأحياء البيضاء ، بالإضافة إلى قمع الحكومة للمتظاهرين والمعارضين. حتى نهاية الفصل العنصري لم يتم بذل جهد كبير لمعالجة قضية المفقودين.

ومنذ ذلك الحين ، يُنظر إلى حل مصير الأشخاص المختفين على أنه عنصر أساسي في عملية الحقيقة والمصالحة والجهد الطويل الأجل لمعالجة المظالم التي ارتكبت خلال حقبة الفصل العنصري.

تتعاون اللجنة الدولية لشؤون المفقودين مع فريق عمل الأشخاص المفقودين في جنوب أفريقيا التابع لمكتب السلطة الوطنية للملاحقة القضائية وقدمت اختبارات الحمض النووي وتقارير مطابقة هوية الحمض النووي على ضحايا الاختفاء القسري.

وبالإضافة إلى ذلك، تتعاون اللجنة الدولية لشؤون المفقودين مع وحدة تعريف الضحية التابعة لشرطة جنوب أفريقيا لتحليل الحمض النووي لحالات رفات بشرية لم يتم التعرف عليها ، حيث تكمل القدرات المتخصصة للجنة الدولية لشؤون المفقودين في حالات صعبة بشكل خاص. يمكن أن تكون حالات الأشخاص المفقودين هذه مرتبطة بجرائم القتل وجرائم أخرى، وقد قدمت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين شهادة خبير حول إجراءاتها وعلوم الحمض النووي في محكمة جنوب أفريقيا العليا في إحدى هذه القضايا.