لدى اللجنة الدولية لشؤون المفقودين مجموعتان رئيسيتان من النشاطات البرنامجية
الأولى، تضمن تعاون الحكومات وغيرها في معالجة قضية الأشخاص المفقودين، من خلال الإشراف على بناء القدرات المؤسسية، وتشجيع المشاركة العامة ومعالجة احتياجات العدالة والإنصاف.
الثانية، توفر المساعدة التقنية للحكومات في تحديد مواقع وهويات الأشخاص المفقودين واستعادة رفاتهم.
يتم تنفيذ نشاطات البرنامج الرئيسي التابع للجنة الدولية لشؤون المفقودين عبر تطبيق الكفاءات الموضوعية المحددة، بما في ذلك.