منذ الاستقلال عن بريطانيا في عام 1956 شهد السودان الاضطرابات الاجتماعية والسياسية المستمرة الناشئة عن المطالب المتنافسة لمختلف المجموعات اللغوية والثقافية والانقسامات الأيديولوجية بين اليسار واليمين.

الصراع بين شمال وجنوب السودان، من الخمسينيات حتى عام 1972 ثم مرة أخرى من عام 1983 حتى عام 2005، أسفر عن مقتل أكثر من مليوني شخص. يقدر عدد الوفيات في صراع دارفور، الذي بدأ في فبراير 2003 مع تمرد ضد الخرطوم من قبل غير العرب، بمئات الآلاف، على الرغم من أن الحكومة تصر على أن هذا الرقم أقل من ذلك بكثير. تحدد الأمم المتحدة عدد الذين شُرِّدوا بسبب القتال في دارفور بما يقرب من ثلاثة ملايين. واتهمت الحكومة بشن حرب بالوكالة، وذلك باستخدام ميليشيات عربية لتنفيذ سياسة التطهير العرقي. انتهى الصراع إلى حد كبير مع اتفاق سلام في يناير عام 2010.

وبالإضافة إلى هذه الصراعات الكبرى، والحروب مع جيرانها، شهد السودان سلسلة من الصراعات القائمة على القبلية، فضلا عن الكوارث الطبيعية بما في ذلك الفيضانات الكبرى في 2007.

ويتهم تقرير منظمة العفو الدولية لعام 2010 جهاز الأمن والمخابرات الوطني السوداني بارتكاب انتهاكات مؤسسية لحقوق الإنسان، بما في ذلك حالات الاختفاء القسري، ويلاحظ أن لدى الشرطة في البلاد صلاحيات واسعة للاعتقال والاحتجاز وتتمتع بالحصانة من الملاحقة القضائية.

الرئيس السوداني عمر البشير الذي يتولى السلطة منذ يونيو 1989، اتُهم بارتكاب انتهاكات لحقوق الإنسان فيما يتعلق بصراعات جنوب السودان ودارفور، فضلا عن التدابير القمعية ضد المنظمات المعارضة في الخرطوم. وقد صدرت مذكرتا توقيف بتهمة ارتكاب جرائم حرب وجرائم ضد الإنسانية ضده من قبل المحكمة الجنائية الدولية.

المنظمات التي نشطت في الدفاع عن حقوق الإنسان في السودان تشمل مركز الخرطوم الدولي لحقوق الإنسان ومنظمة السودان للتنمية الاجتماعية، ومركز الأمل لتأهيل ضحايا التعذيب، والمنظمة السودانية لمناهضة التعذيب .