من عام 1975 خاضت قوات الأمن المغربية ومقاتلو البوليساريو حربا استمرت 16 عاما من أجل السيطرة على الصحراء الغربية. كان نزوح السكان الإجباري الارتفاع المصاحب في عدد المفقودين جزءا من إرث النزاع المستمر.

أشار تقرير صادر عن مكتب وزارة الخارجية الامريكية لشؤون الديمقراطية وحقوق الإنسان والعمل في عام 2001 إلى تقدير الاتحاد الدولي لروابط حقوق الإنسان ومقرها في باريس، بأن هناك ما بين 600 وعدة آلاف من المفقودين في المغرب نتيجة للعنف السياسي .

وقد تم تحديد موقع عدد من المقابر الجماعية واستخراج الرفات منها بهدف التعرف على هوية الأفراد الذين فقدوا في وقت مبكر من السبعينيات. انتقدت منظمات دولية لحقوق الإنسان كلا من الحكومة المغربية ومقاتلي البوليساريو لعدم مراعاة الحد الأدنى من معايير حقوق الإنسان.

منذ انتهاء العمليات العسكرية واسعة النطاق، وبعد وقف إطلاق النار بمراقبة الأمم المتحدة، أخلت جبهة البوليساريو والسلطات المغربية سبيل أسرى الحرب في سلسلة من التمارين المطلوبة والمسهلة من قبل الحكومات الأجنبية والمنظمات الدولية. تم إخفاء العديد من السجناء لأكثر من عقد من الزمان. تدعي البوليساريو أن الحكومة المغربية قد فشلت في توضيح مصير جميع السجناء، وهو ادعاء ترفضه الحكومة.

في فبراير 2007، وقعت المغرب على الاتفاقية الدولية لحماية جميع الأشخاص من الاختفاء القسري. المجلس القومي لحقوق الإنسان، المنشأ والممول من قبل الحكومة، هو المسؤول عن التحقيق في حالات الاختفاء القسري. في عام 2012 دفعت السلطات أكثر من 5 ملايين دولار تعويضا لـ 345 مستفيدا.

وقد انتقد ممثلو الشعب الصحراوي الانتقائية وبطء التحقيقات الرسمية في حالات الأشخاص المفقودين وهو المجتمع الأكثر تضررا من النزاع في الصحراء الغربية. وأشار تقرير وزارة الخارجية الامريكية عن المغرب سنة 2013 إلى 114 حالة من حالات الاختفاء القسري التي تدعي جمعية أسر المفقودين بأنها لم تحل حتى نهاية عام 2012.