تمّ تعزيز الاستراتيجيات الدولية في اللجنة الدولية لشؤون المفقودين لمعالجة قضية الأشخاص المفقودين من خلال عقد شراكات مع المنظمات التالية
الإنتربول
في عام 2007، وقّعت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين على اتفاقية تعاون مع الإنتربول لتقديم المساعدة في تحديد هويات الأشخاص المفقودين جرّاء الكوارث. وعلى مدى السنوات الماضية، عملت اللجنة مع الإنتربول لتعزيز هذه الشراكة من خلال إنشاء بروتوكول إضافي من شأنه خلق منصة دائمة لتحديد هوية ضحايا الكوارث (DVI).
المحكمة الجنائية الدولية الخاصة بيوغوسلافيا السابقة (ICTY)
منذ تأسيسها في عام 1996 عملت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين مع المحكمة الجنائية الدولية الخاصة بيوغسلافيا السابقة. وفي نوفمبر 2006، قامت كلتاهما بوضع أسس لتقديم نتائج عمل اللجنة الدولية لشؤون المفقودين في المحاكمات أمام المحكمة الجنائية الدولية الخاصة بيوغسلافيا السابقة. وتعترف هذه الأسس بالضمانات التي تتطلبها اللجنة الدولية لشؤون المفقودين عند استخدام المعلومات الشخصية والسرية الخاصة بالأشخاص المفقودين وعائلاتهم.
المحكمة الجنائية الدولية (ICC)
بالاستناد إلى نماذج التعاون مع المحكمة الجنائية الدولية الخاصة بيوغسلافيا السابقة، قام مكتب المدعي العام في المحكمة الجنائية الدولية بتوقيع اتفاقية تعاون مع اللجنة الدولية لشؤون المفقودين في عام 2016.
في محاولة لتحديد حجم مشكلة المفقودين في سياق الهجرة البشرية والتشريد، ولوضع البرامج المخصصة لمعالجة هذه المشكلة، قامت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين بتوقيع اتفاقية تعاون مع المنظمة الدولية للهجرة في مارس 2013.
تعمل اللجنة الدولية لشؤون المفقودين ومنذ العام 1996 على قضايا الأشخاص المفقودين بالتعاون مع مجموعة متنوعة مع الجهات التابعة للأمم المتحدة، بما في ذلك –
برنامج الأمم المتحدة الإنمائي (UNDP) قبرص وكولومبيا
مفوضية الأمم المتحدة لحقوق الإنسان، مكتب المفوض السامي لحقوق الإنسان (UNOHCHR)
عمليات الأمم المتحدة لحفظ السلام (البوسنة والهرسك، وكرواتيا، وكوسوفو، ومقدونيا، والعراق، وليبيا)
فريق العمل في الأمم المتحدة والمعني بحالات الاختفاء القسري أو غير الطوعي.
كما وتبحث اللجنة الدولية لشؤون المفقودين سبل التعاون مع
مكتب تنسيق الشؤون الإنسانية (UNOCHA)
المفوضية السامية للأمم المتحدة لشؤون اللاجئين (UNHCR)
تعمل اللجنة الدولية لشؤون المفقودين بشكل وثيق مع الاتحاد الأوروبي، وبشكل خاص على المشاريع في غرب البلقان، والتي يتلقى العديد منها أيضاً الدعم المالي من الاتحاد الأوروبي.
منظمة الأمن والتعاون في أوروبا (OSCE)
كما وعملت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين بشكل وثيق مع منظمة الأمن والتعاون في أوروبا على قضايا جرائم الحرب وحقوق الإنسان في مجالات المهام ذات الصلة.
تقدم اللجنة الدولية لشؤون المفقودين المشورة إلى الجمعية البرلمانية في مجلس أوروبا على أساس مخصص، وتعمل أيضاً مع مجلس أوروبا في مجالات المهام ذات الصلة.
اللجنة الدولية للصليب الأحمر (ICRC)
منذ العام 1996 ترتبط اللجنة الدولية لشؤون المفقودين بعلاقة طويلة الأمد مع اللجنة الدولية للصليب الأحمر في المناطق المستفيدة من برامجها في غرب البلقان وليبيا والعراق وغيرها. كما وقد شاركت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين في تحضير العديد من مطبوعات اللجنة الدولية للصليب الأحمر والمتعلقة بقضية الأشخاص المفقودين.
عملت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين مع المؤسسة السويسرية للسلام على مشاريع في القوقاز وغرب البلقان.
الشبكة الأوروبية لمعاهد التحليل الجنائي (ENFSI)
تهدف الشبكة الأوروبية لمعاهد التحليل الجنائي إلى مواءمة وتطوير ممارسة علم الوراثة الشرعي من منظور البحث ومنظور معالجة القضايا على حدٍ سواء، مع وجود ممثلين من كافة الدول الأوروبية، ومع مشاركة أبرز علماء الوراثة الشرعية في أوروبا. وقد ساهمت المشاركة المنتظمة للجنة الدولية لشؤون المفقودين في ترسيخ سمعة اللجنة باعتبارها أكثر مختبرات الحمض النووي المعنية بالأشخاص المفقودين فاعلية على مستوى العالم، وساهمت مشاركتها أيضاً في تكامل اللجنة الدولية لشؤون المفقودين مع مجتمع علم الوراثة الشرعي في أوروبا.
مركز حقوق الإنسان (HRC)، جامعة كاليفورنيا، بيركلي
عملت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين مع مركز حقوق الإنسان التابع لكلية الحقوق في جامعة كاليفورنيا؛ لإنجاز مشاريع متنوعة تشمل تقديم المساندة لـ منظمة البحث عن الأطفال المفقودين غير الحكومية في السلفادور، وذلك عن طريق المساعدة في إجراء اختبارات الحمض النووي وتحليل القرابة وتصميم قاعدة بيانات لتحديد الأطفال المفقودين من السلفادور.
عقدت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين شراكة مع Benetech وهي منظمة غير ربحية تهدف إلى بحث سبل استخدام التكنولوجيا في إحداث تغيير اجتماعي إيجابي.
منظمة الأطباء المناصرين لحقوق الإنسان (PHR)
حافظت اللجنة الدولية لشؤون المفقودين على علاقة عمل طويلة الأمد مع منظمة الأطباء المناصرين لحقوق الإنسان في مختلف المجالات منذ العام 1996.