يقوم المدير العام بإدارة اللجنة الدولية لشؤون المفقودين ويتم تعيينه من قبل المفوضية.
تقوم اللجنة الدولية لشؤون المفقودين بتوظيف ما يقرب من 140 شخصاً في برامجها ومشاريعها حول العالم. ويتمتع المديرون بخبرة مهنية عالمية واسعة، وبسجلٍ حافل من الالتزام في مجال حقوق الإنسان والبحث عن المفقودين.