اللجنة الدولية لشؤون المفقودين يحكمها مجلس مفوضين يترأسه السفير الأمريكي السابق توماس ميلر ويتألف من أفراد متميزين ينشطون في المجال الدبلوماسي وفي مجال حقوق الإنسان.
يشارك عدد من الخبراء الدوليين في مجالات الطب الشرعي، والاجتهادات القضائية، والدفاع السياسي والمدني في العمل في لجان اللجنة الدولية لشؤون المفقودين، وذلك لإمداد المنظمة بالموارد الفكرية والتقنية للقيام بواجباتها بأعلى المعايير الدولية.